Cómo calcular la cobertura de secuencia

estudios de enriquecimiento requieren el cálculo de los datos de secuenciación para determinar el nivel de cobertura . Esto se hace principalmente con los laboratorios de secuenciación de genes que requieren la preparación de muestras de ADN integrado y puesta en común de pre-enriquecimiento . Cálculo de cobertura de secuenciación requiere el uso de variables que incluyen la cobertura de secuencia media , el total de las bases y el objetivo de la eficiencia de enriquecimiento . La realización de este cálculo se realiza mediante la introducción de todas estas variables en una ecuación . Instrucciones Matemáticas 1

Escriba la ecuación utilizada para calcular la cobertura media de secuenciación . Esto se verá como la cobertura deseada dividida por la cobertura media normalizada . Si la cobertura deseada es de 10x y la cobertura media normalizada de 0.2, la cobertura media de la secuencia es de 50
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Escriba la ecuación utilizada para calcular la cantidad de secuenciación . Esto se verá como ( total de bases específicas ) (media de cobertura de secuenciación ) /(eficiencia enriquecimiento) = cantidad de secuenciación .
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Plug en 62 MB para " bases totales dirigidas " y 0,65 para la "eficiencia de enriquecimiento . " Añadir la cantidad de cobertura de secuenciación de 50x y la ecuación se verá como (62) (50) /0.65 . El resultado de la ecuación será de 4,8 GB de datos de secuenciación .