Entre los mamíferos en peligro de extinción residentes en los Cayos de la Florida son los manatíes icónicos . Algunas de las ballenas más grandes del mundo también visitar , incluyendo los espermatozoides , azul, y aletas de las ballenas, todos los cuales están en peligro de extinción . Pequeños mamíferos en peligro de extinción incluyen el ratón algodón Key Largo , la rata de madera Key Largo y el conejo Bajos Cayos de pantano. La principal amenaza para estos animales más pequeños , y la razón principal por la que están en peligro de extinción , es la destrucción del hábitat . La urbanización de los Cayos de la Florida no ha sido bueno para la fauna endémica . Los animales introducidos , especialmente gatos, son otra amenaza seria.
Birds
Los Cayos de Florida son una importante de alimentación y caldo de cultivo de cientos de especies de aves acuáticas , entre ellas en peligro de extinción o especies amenazadas como la cigüeña de madera y la golondrina de mar roseta . Es también el hogar de una gran variedad de aves rapaces en peligro de extinción como el cernícalo del sudeste americano y el halcón peregrino Ártico y aves más pequeñas como la curruca de Bachman en peligro de extinción .
Pescado
hábitat de los humedales también ha puesto en peligro los peces . En los Cayos de la Florida que incluyen el pejerrey Clave y el blenny clave , los cuales se encuentran en ninguna otra parte . Las amenazas a los peces son similares a las amenazas a otros animales , con la destrucción del hábitat es posiblemente la mayor amenaza . Los peces también son muy sensibles a la contaminación del agua .
Reptiles
Cinco de las siete especies de tortugas marinas habitan los Cayos de la Florida , incluyendo la carey en peligro crítico , Ridley de Kemp y tortugas laúd . Otros reptiles en peligro de extinción incluyen numerosas especies de lagartos y serpientes , como el eslizón Key topo y la serpiente de añil del este , el cocodrilo americano y el barro tortuga Key.
Invertebrados
Menos obvio que los grandes vertebrados , invertebrados son una parte esencial de todos los ecosistemas y son vulnerables a muchas de las mismas amenazas . Especies que se sabe están en peligro de extinción en este hábitat incluyen moluscos como el árbol caracol Stock Island, insectos como Schuas ' mariposa cola de golondrina y los organismos acuáticos como los corales .